紅河學院下設(shè)有13個學院和1個思想政治理論教研部，擁有53個本科專業(yè)，涵蓋了文、史、法、理、工、農(nóng)、經(jīng)、管、教、藝等10個學科門類。學校以自然科學和人文學科等基礎(chǔ)學科為骨干，開設(shè)了服務(wù)區(qū)域經(jīng)濟建設(shè)和社會發(fā)展，有利于推動國際合作的工學、經(jīng)濟學、管理學、農(nóng)學和東南亞語言等應(yīng)用型專業(yè)，形成了門類齊全的學科專業(yè)體系。

13個學院包括：人文學院、政治學院、理學院、工學院、生命科學與技術(shù)學院、商學院、教師教育學院、國際學院、數(shù)學學院、體育學院、外國語學院、音樂學院、美術(shù)學院。